Bafra İlçesi Büyükcami Mahallesi'nde yıkılmaya yüz tutmuş 1858 yılında yaptırılan ve bir süre Şehir Kulübü ve Öğretmen evi olarak da kullanılan bina müzeye dönüştürülmüştür. Özellikle de 30 yıl süregelen İkiztepe kazılarında çıkan kalıntıların sergilendiği yerdir. İkiztepe arkeolojik çalışmalarda ise bulunan kalıntılar arasında "1971 yılından itibaren yapılan yüzey araştırmalarında 57 höyük tipi, 6 düz yerleşim yeri, 25 antik çağ ile hemen sonrasına ait kalıntı, 48 tümülüs, 5 kaya mezarı, 3 mezarlık, 1 kale, 1 hamam, bir köprü olmuştur.

Müzenin yapımı tam olarak 19. yüzyılda yapılmış ve daha s0nrasında da çeşitli amaçlarla kullanılmaya başlanılmıştır. Kültür ve Turizm Bakanlığının mülkiyetinde bulunan bu müze, 2 bin 152 metrekarelik bir alanı kaplamaktadır. Kültür ve Turizm Bakanlığı tarafından binanın restorasyonu ve dizaynı gerçekleştirilmiştir. İçerisinde de 1520 arkeolojik ve geleneksel eser bulundurmaktadır. Samsun bölgesinde kazıların sonucunda elde edilen çeşitli kültürel değerlerin sergilenmesi gerçekleştirilmektedir.

Gazipaşa Mahallesinde Gazipaşa Caddesinde bulunan Bafra Müzesi, Bafra yöresinden gelenekleri günümüze kadar taşımak için kolay ulaşım sayesinde misafirlerine sunmaktadır.